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乐鱼电竞入口:PCycDB:全面准确的磷循环基因分析数据库
发布时间:2022-08-15 01:15:12 来源:乐鱼手机官网登录 作者:乐鱼体育登录网站

  磷(P)元素是地球上一种重要的营养元素,参与了能量代谢、基因组成和细胞结构等过程,生态系统中的微生物在磷循环过程中发挥了巨大作用。虽然宏基因组测序技术发展迅速,但是人们对于关键的磷循环基因和微生物及其生态功能尚不清楚。因此,了解微生物驱动的磷循环和它们的生态效应至关重要。在本研究构建了一个具有139个基因家族和10个磷代谢过程的磷循环数据库(PCycDB)。该数据库的准确度、阳性预测率、敏感性、特异性和阴性预测率分别达到了99.8%、96.1%、99.9%、99.8%和99.9%。相较于其他公共数据库(arCOG、COG、eggNOG和KEGG),PCycDB具有更高的准确性、更广的全面性和更快的分析效率。

  PCycDB数据库涵盖139个基因家族和10个P代谢过程,新增多个以前被忽视的PCG,如编码磷酸盐不敏感磷酸酶的pafA、ptxABCD(亚磷酸盐相关基因)和用于2-氨基乙基膦酸盐转运蛋白的新型aepXVWPS基因。

  相较于其他公共数据库(arCOG、COG、eggNOG和KEGG),PCycDB具有更高的准确性、更广的全面性和更快的分析效率。

  总之,本研究构建的PCycDB是一个全面的、准确的磷循环基因注释工具,为研究者们提供更好的了解环境中的磷循环微生物及其潜在机制。

  Tip: 凌恩生物建立了完整的碳、氮、磷、硫循环循环模式图,对宏基因组数据进行深入挖掘,通过循环模式图,确定不同代谢过程所涉及的功能基因及其丰度计算方法,对环境样品微生物群落碳、氮、磷、硫循环能力进行分析及比较,进一步通过对识别到的相关功能基因所属物种进行分类学注释,识别环境样本中参与碳、氮、磷、硫循环的主要功能微生物种属。

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